呼吸内科成立于1995年10月，当时与心血管内科共一病区。2002年3月获得国家中医药管理局重点学科—中医内科呼吸学科建设单位称号，2003年3与心血管内科分开，有普通住院病房22张。2008年11月搬迁至新病房大楼(内科大楼)，呼吸内科现有住院床位45张，有呼吸内科专家门诊、院内名医专家门诊，有医护人员21人，其中医师9人、护理人员12人，其中主任医师2人、副主任医师1人、主治医师2人、住院医师4人;其中医学博士4人，医学硕士4人，硕士研究生导师1人。呼吸内科现有奥林巴斯纤维支气管镜1台、床边日立肺功能仪1台，心电监护仪3台，多导睡眠检测仪1台，Auto CPAP呼吸机1台、ST33无创呼吸机各1台，PARI牌超声雾化器2台等医疗设备。

2007年12月呼吸内科通过了国家中医药管理局重点学科专家组验收。2009年12月又被国家中医药管理局评为中医肺病学科重点学科建设单位。有3人次参加国家GCP培训、6人次参加院内GCP培训，并获得国家食品药品管理局药物验证单位。已经参与新药研究有贴穴平喘膏和扶正咳喘胶囊的Ⅱ、Ⅲ临床研究。2001年开始培养硕士研究生，共毕业硕士研究生16人，在校研究生10人。与北京中医药大学联合培养博士研究生2人。

呼吸内科主要从事中医药防治呼吸系统疾病的诊断与治疗，有四个稳定的研究方向，肺气虚证的研究、慢性阻塞性肺疾病的研究、支气管哮喘的研究、肺癌的研究;近5年分别获得国家自然基金3项，国家自然基金青年项目2项、安徽省自然基金项目2项，国家973前期项目1项，国家中医药管理局科研项目2项，安徽省教育厅等项目10余项。参与了国家重点基础研究发展计划(973计划)《“肺与大肠相表里”脏腑相关理论的应用基础研究》、国家科技支撑计划课题《祛风病证结合治疗咳嗽的方案研究》等课题的研究。近5年发表论文120余篇、出版专著3部(《现代中医呼吸病学》、《咳喘病家庭调养》、《呼吸病中医临床精要》。